1927年，中国人自主创办的第一所国立高等医科院校——国立第四中山大学医学院在上海吴淞诞生。校图书馆与学校同年成立，先后随校曾名“国立上海医学院图书馆”、“上海医学院图书馆”、“上海第一医学院图书馆”等。1985年5月易名为上海医科大学图书馆，2000年4月27日上海医科大学与复旦大学强强联合，更名为复旦大学图书馆医科馆。
医科馆现有纸质馆藏书刊40余万册，收藏重点为生物医学类中英文书刊；同时侧重于电子资源的建设，校园网用户通过主页可检索访问500多种各专业数据库，并可经学术资源门户和望道溯源平台进行跨库检索及全文查询。医科馆特色馆藏包括医古籍、珍贵外刊、民国图书、复旦上医人著作、书画与史料、医科学位论文等。
2017年11月21日，在原址重建的医科馆正式开馆，新馆位于“康泉图书馆”大楼地下一层至七层，总面积18225平方米，座位约1700余席，乃复旦大学上海医学院新地标。
医科馆以“作为场所而存在（the library as place）”的理念进行空间布局与设计。通过密集书库将80%的馆藏收纳其中，将绝大部分馆舍空间设计为面向不同需求读者的活动场所。医科馆集藏书、借阅、研究、讨论、展览、视听、新技术体验、讲座与医学人文素养教育等多功能于一体，并提供学科服务、查新、查收查引、文献提供、通借通还、文检教学等各项服务。
医科馆的整体布局风格既具有现代的简约大气，又具有古朴深厚的文化底蕴。医科馆将秉承“以用户为中心”的服务理念不断提升服务水平，更好地为广大师生服务。
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